ホームページのファイル転送にはFFFTPを利用しています。
FFFTPにはサーバーとローカルのデータを一致（同期）させるための、「ミラーリングアップロード」と「ミラーリングダウンロード」という便利な機能があります。
私はよく「ミラーリングダウンロード」を利用して、サーバーの状態とローカルの状態を一致させておくようにしています。
いつものようにミラーリングダウンロードをしていたら、なんかダウンロードするファイル数が多いなぁ、と思ったら、毎回全てのファイルをダウンロードしているようでした。
はて？
よく見てみると、今見えているディレクトリ内のファイルは新しいものだけをダウンロードして、今見えているディレクトリよりも下の階層のファイルが全てダウンロードしているようでした。
というわけで、さっそく調べてみました。
Googleにて“FFFTP ミラーリングダウンロード 全てのファイル”で検索してみました。
見つかりました。
http://sourceforge.jp/forum/forum.php?forum_id=27004&thread_id=31976
サーバーがMLSDコマンドに対応していないのが原因ではないか？とのこと。
MLSDコマンド：
引数に指定したディレクトリのファイル一覧を詳細な最終更新時間をつけて返す。
ことらしいですｗ
「ホストの設定」ダイアログ→「高度」タブ→「可能であればMLSDコマンドで一覧を取得」のチェックを外したら正常に動作するようになりました。